Immédiatement après son retour au Japon, à l'âge de 28 ans, Dôgen Zenji écrivit le Fukanzazengi (Les règles universelles pour la pratique de zazen), afin de faire connaître le Dharma du Bouddha qui lui avait été authentiquement transmis. Malgré l'opposition venant d'autres écoles bouddhiques plus anciennes, et plus particulièrement de la part des moines du Mont Hiei, Dôgen Zenji pensait qu'il était urgent de rassembler ceux qui cherchaient réellement la Voie, afin de leur faire connaître les enseignements qui lui avaient été transmis. C'est avec cette idée qu'il s'installa d'abord au temple Koshoji à Uji, puis au temple Eiheiji à Echizen. Fidèle à son engagement selon lequel une seule personne, ou même une demie personne était suffisante pour transmettre le Dharma, il se consacra de toutes ses forces à rassembler ceux qui désiraient suivre la Voie du Bouddha.
L'enseignement de Dôgen Zenji a ensuite été transmis à ses successeurs : Koun Ejo Zenji, le deuxième abbé du Daihonzan Eiheiji, puis Tettsu Gikai Zenji. Ce dernier fonda le temple Daijoji à Kaga et transmit ensuite cet enseignement à son disciple Keizan Zenji, qui hérita ainsi de ce Dharma. Parmi les disciples de Keizan Zenji se trouvait Meiho Sotetsu Zenji, qui par la suite, héritera du temple Yokoji et Gasan Joseki Zenji, qui héritera du Daihonzan Sôjiji. Ces maîtres ont également éduqué de nombreux disciples exceptionnels, qui ont à leur tour diffusé les enseignements de l'école du Zen Sôtô dans tout le Japon.
Bien que l'école Rinzai – également issue d'une branche du zen chinois – ait eu l'appui et la confiance du gouvernement shogunal, de la noblesse et des personnes influentes, l'école Sôtô avait pour fidèles les familles aisées des districts ruraux, ainsi que des gens ordinaires.
A la fin de l'époque Kamakura et au début de l'époque Muromachi, l'école Rinzai construisit cinq de ses temples principaux à Kyôto et Kamakura, inaugurant ainsi le système appelé « Cinq montagnes – Dix temples » (Gozan-Jissetsu). Ceci permit à une nouvelle culture influencée par l'esprit zen de se développer, particulièrement au niveau littéraire avec la naissance du mouvement appelé Gozan-Bungaku (Littérature des cinq montagnes). Contrairement à l'école Rinzai, l'école Sôtô évitait toute relation avec le pouvoir central, préférant se mélanger aux masses populaires et répondre aux besoins plus simples des gens ordinaires, tout en continuant doucement, mais sûrement, ses activités d'enseignement. Bien sûr, au cours de l'Histoire, l'école Sôtô a connu également des périodes de confusion et de changement.
L'établissement du jidan seido (système de temples paroissiens) mis en place par le shogunat à l'époque Tokugawa eut pour résultat la centralisation de l'organisation et le contrôle des temples dans tout le pays. Pendant cette période, plusieurs maîtres exceptionnels firent leur apparition et enseignèrent dans l'école Sôtô. Parmi eux : Gesshu Soko, Manzan Dohaku et Menzan Zuiho. Ces maîtres jouèrent un rôle capital en corrigeant des erreurs lors de la transmission du Dharma et insistèrent pour revenir à la véritable transmission face à face de Dogen Zenji (menju-shiho). Ce n'est là qu'un aspect de l'idée d'ensemble, qui était de revivifier le concept originel de l'école Sôtô. Ce mouvement eut entre autres conséquences de nombreuses recherches et la révision de classiques de l'école Sôtô, en commençant par l'œuvre maîtresse de Dogen Zenji : le Shobogenzo (le Trésor du vrai œil du Dharma).
Au moment de la restauration Meiji, le nouveau gouvernement reposait sur l'autorité de l'empereur et de ses divinités, car il était soutenu par la théologie Shintô. Du fait de la très bonne relation entre le système de l'empereur et la religion indigène, le gouvernement donna une place primordiale dans la société à la religion traditionnelle Shintô, séparant le Shintô et le bouddhisme dans une tentative d'éradiquer le bouddhisme. Il alla même jusqu'à conseiller de « rejeter Bouddha et piétiner Shâkyamuni" (haibutsu-kishaku).Ce fut un grand coup porté au monde du bouddhisme, mais les différentes écoles furent finalement capables de s'en remettre.
C'est à cette époque que l'école Sôtô vit apparaître Ouchi Seiran Koji, qui révisa la version originale du Shushogi (Signification de la pratique-réalisation). Azegami Baisen Zenji, du temple Daihonzan Sôjiji et Takiya Takushu Zenji du temple Daihonzan Eiheiji firent les révisions nécessaires au texte d'Ouchi et celui-ci devint le recueil d'instructions religieuses du zen Sôtô. Le Shushogi a joué un grand rôle dans la popularisation des enseignements de l'école parmi les gens du peuple. Aujourd'hui, l'école Sôtô est devenue un mouvement religieux important qui comporte environ 15.000 temples et quelque huit millions d'adhérents dans tout le Japon.
Source: http://global.sotozen-net.or.jp/fre/what/Buddha_founders/dogen_zenji.html
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